Профилактика коррупционных правонарушений, которой в МЭР отводится немаловажная роль, проводится в соответствии с утвержденным президентом РФ Владимиром Путиным Национальным планом противодействия коррупции на 2016 — 2017 годы, а также Планом противодействия коррупции в ведомстве.