Исключение судна из Реестра осуществляется по заявлению собственника судна или иного уполномоченного лица. Также, с 1 января 2017 года законом будет регламентирован порядок государственной регистрации маломерных судов, поднадзорных Государственной инспекции по маломерным судам МЧС России.